Esse não é o caso. Seu arquivo tem um tamanho absoluto de 6 bytes. O sistema de arquivos que você está usando, no entanto, tem um tamanho de bloco de 4KB, ou seja, a partição é segmentada em blocos de 4KB e seu arquivo, com apenas 6 bytes, deve ser escrito em um bloco de 4KB, "Tamanho no disco".
Todos os arquivos no seu sistema terão um "tamanho no disco" mínimo de 4KB devido a isso, mesmo que sejam realmente menores e todos os seus arquivos terão um "tamanho no disco" que é múltiplo de 4KB (4096 bytes).
O tamanho de metadados que você mencionou não aparecerá, mesmo que seja armazenado com o arquivo no nível do sistema de arquivos.