Isso realmente depende do servidor ftp que você está realmente usando como alguém já mencionado. Mas todos os servidores que vi geralmente começam a gravar diretamente no disco, então você deve ver imediatamente o arquivo assim que começar a enviá-lo. Desta forma, também se a conexão for interrompida você acaba com um arquivo parcial (que eventualmente você pode retomar mais tarde)
Dadas as suas necessidades, sugiro que você mesmo envie o arquivo para um nome ou diretório temporário no servidor que não corresponda ao programa no servidor e, em seguida, o renomeie quando o upload terminar.