Eu posso tentar algo assim:
find dirname -type f -name '*.mkv' -print0 | xargs -0 -L 1 dirname | sort | uniq -c | egrep -v '^ *1 ' | sed 's/^ *[0-9]* //'
O resultado gera os nomes de todos os arquivos .mkv, então o xargs faz um dirname em tudo para extrair apenas o nome do diretório, classificar todos os itens, fazer com que o uniq forneça uma contagem de linhas repetidas e usar egrep remova os que possuem somente 1 * .mkv arquivo e, finalmente, remover as contagens usando o sed para fornecer uma lista de diretórios apenas.
BTW, -print0 está sendo usado para que o caractere especial filename não cause problemas xargs precisa que a opção -0 interprete a entrada corretamente nesse caso .. Como observado nos comentários, a exceção é, obviamente, um caractere de nova linha como parte do nome do arquivo que eu pessoalmente não encontrei. xargs precisa da opção -0 para interpretar a entrada corretamente nesse caso.