O próprio Windows não reformatará várias partições, a menos que você esteja tentando fazer algo personalizado antes ou durante a instalação. Ele será instalado na partição que você selecionou como o destino durante a instalação, sem tocar nas outras partições ou unidades. Então a sua partição D: está segura do Windows (mas talvez não você :-))
Para descobrir sua configuração de unidade / partição, execute a caixa de diálogo "Gerenciamento de disco" no painel de controle. Ou simplesmente execute "diskmgmt.msc". Isso mostrará se C e D estão na mesma unidade ou não.
É claro que, sempre que você tiver algo valioso em uma unidade, você sempre fará e terá um backup antes de tentar algo como reconstruir um sistema que possa eliminar esses arquivos.