DD faz uma cópia perfeita em bits do que quer que esteja na imagem para a unidade. No entanto, os discos modernos são inteligentes o suficiente para abstrair qualquer bloqueio ruim e organizar as coisas para você. Se você está ciente de que há bloqueios ruins, você deve estar ciente de que seu disco pode morrer a qualquer momento (mas você tem um backup, yay! - NÃO considere isso nada além de uma solução de curto prazo). Fazer um formato com badblocks (um formato full windows ou mkfs de algum tipo com uma tag -c) deve fazer com que o disco marque os blocos ruins como, bem, e você deve ser capaz de aproveitar os métodos de sinalização interna dos discos.
Para ter certeza, você provavelmente pode executar o smartmontools (eu uso o front-end gráfico para ele - gsmartcontrol) e verifique as contagens pendentes de realocação do setor antes e depois da criação de imagens.