Sempre use o RAID de hardware se puder pagar por um RAID de software que possa dar problemas de compatibilidade com o sistema ... (inicialização dupla com o Windows, uso de um CD de inicialização para reparar o sistema, ...)
Use o RAID5: a velocidade de gravação é um pouco mais lenta do que os discos sozinhos, mas a velocidade de leitura é superior.
Quanto a qual controlador: compre o mais caro, o seu orçamento permite que você compre e não compre nenhuma porcaria desconhecida! Inc! Cheap-o-RAID e ficar com grandes marcas.
Isso não deve tornar esta resposta muito fora do tópico ; -)