Bem, eu testei o .mp4 (a opção [Medium] no menu suspenso do DownloadHelper, o .flv está demorando) no VLC e ele foi impecável, áudio e vídeo.
O DownloadHelper sofre alguns problemas desde então, então eu vou verificar o changelog para mais informações sobre possíveis bugs. Mas a baixa taxa de transferência do arquivo .flv é o que me indica o problema.
Um relatório de bug BUG 554 foi aberto recentemente e parece que era fixed (embora nada no relatório de erros indique a conclusão) na versão 4.9.18. Estou usando a versão mais recente.
Finalmente cheguei a baixar o arquivo .flv e não tenho esses problemas, consigo ouvir o som e também o .mp4. Minha conclusão é que o addon (como descrito anteriormente) ou a conexão com a Internet estragou seu arquivo.