Você não precisa declarar uma entrada -s ou -r para y4m ( YUV4MPEG2 ). Ele contém um cabeçalho com a largura do quadro, a altura do quadro e a taxa de quadros, entre outras informações que podem estar presentes.
Além disso, -sameq não significa "mesma qualidade" e foi removido do ffmpeg. Você pode usar -qscale:v ao usar o codificador mpeg4 . Um valor sano é 2-5 e um valor mais baixo é uma qualidade mais alta. 2 é quase sem perda visual.