Eu gosto da resposta de Dave Rook e encontrei uma solução mais simples ...
Para cada requisito, simplesmente vá para a unidade raiz e digite
attrib (filetype) /S +h
por exemplo
attrib *.ipr /S +h
fará todos os arquivos ipr em arquivos ocultos, em todos os subdiretórios.
No entanto, nem esta resposta nem a de Dave Rook atendem ao seu requisito de "automático" e, especialmente, não atendem ao requisito de não definir o sinalizador oculto.
Se você quiser escondê-los sem definir o atributo oculto, a única maneira que eu posso pensar em fazê-lo é através de uma extensão shell para basicamente escondê-lo do explorador - mas, isso é uma coisa muito perigosa para fazer, pois esta é uma risco de segurança em sua máquina / você está começando a entrar no reino dos rootkits .... Você precisará basicamente programar algo e adicioná-lo ao registro.