O problema foi que ~/.bashrc não é originado ao efetuar login diretamente via PuTTY, mas é quando se usa uma sessão screen . Aparentemente, o login via PuTTY é considerado um " shell non-login non interactive interativo ".
Como @terdon apontou, ls , grep et al são incolores por padrão, mas meu .bashrc tem alias para usar cores.
Minha correção foi usar o .bashrc no meu .bash_profile:
if [ -f ~/.bashrc ]; then
. ~/.bashrc
fi