Então, eu sei que essa pergunta foi feita há muito tempo. Como o Inkscape é bem lento no x11 no Mac, decidi postar minha solução aqui, caso isso ajude outra pessoa.
Se você tem o python instalado no seu mac, você pode usar este script para modificar o svg antes de abri-lo no illustrator. Então, depois de terminar de editar, basicamente faça o oposto para postar o novo attr de volta ao campo id. Meio vago, mas o desempenho do ilustrador fez com que fosse melhor do que sofrer com o Inkscape por mim -
from bs4 import BeautifulSoup
svg = open('myawesome.svg', 'r').read()
soup = BeautifulSoup(svg)
paths = soup.findAll('path')
for p in paths:
p['inkscape:temp_id'] = p['id']
html = p.prettify("utf-8")
with open("output.svg", "a") as file:
file.write(html)
O truque aqui é abrir o SVG original em um editor de texto e substituir o caminho pela saída desse script. Quando estiver pronto no illustrator, copie este script python e copie 'inkscape: temp_id' de volta para p ['id'] (o oposto da primeira vez) e então você está pronto.
Espero que isso ajude alguém lá fora. Eu perdi 4 horas hoje descobrindo como preservar IDs de elementos no illustrator para um projeto em que estou trabalhando e isso é o melhor que eu consegui fazer. Boa sorte!