Você pode configurar os perfis de usuário para montar um compartilhamento de rede no login do usuário e instruir o aluno a usá-lo. As permissões precisariam ser gerenciadas adequadamente se você quiser apenas uma proporção de 1 para 1 aluno / compartilhamento. Você também pode continuar usando o git e puxar o repositório para os espaços de armazenamento individuais dos alunos. Isso pode ser implementado por meio de arquivos em lote.
Provavelmente inviável - mas na linha da resposta do @ elomage - se você quiser ser realmente complicado, pode montar pequenas unidades de memória RAM quando os usuários fizerem login, usar isso para a loja de recompra e remover a unidade quando o usuário fizer logout . O problema é, claro, que, se eles não fizerem o check-in das mudanças, as mudanças desaparecerão para sempre. A perda de energia também resultaria no desaparecimento dos dados.
Em qualquer caso, dado que é para uso dos alunos, seria ideal manter alguma forma de uso do controle de origem (ou seja, git), pois seria um ótimo treinamento relevante do setor para complementar sua educação.