A solução que surgiu, no caso de beneficiar alguém na mesma situação, foi (semelhante à sugestão de Lee, obrigado) arrastar a (s) pasta (s) em questão para uma pasta recém-criada dentro de "Pastas Locais" chamada "E-mails arquivados" Acho que isso foi copiado, em vez de movido (não me lembro com certeza, mas se ele copiá-lo, basta excluir o original assim que tiver certeza de que tudo foi movido).
Isso ainda deixa as mensagens dentro do perfil; Portanto, a solução para isso é ir até Ferramentas> Configurações da conta > Pastas locais e alterar o campo "Diretório local" para algum lugar fora do seu perfil.
Os e-mails agora estão acessíveis no Thunderbird, mas não são armazenados no seu perfil, o que significa que, se você estiver fazendo o backup do seu perfil no Google Drive ou algo assim, não ocuparei espaço desnecessário. É claro que agora você precisa pensar em fazer backup dos e-mails arquivados, mas isso não é grande coisa.
