Como você não forneceu a saída completa do console do seu comando, darei um exemplo usando a sintaxe recente do ffmpeg:
ffmpeg -loop 1 -i input.jpg -i input.mp3 -c:v libx264 -preset medium -crf 18 -tune stillimage -c:a copy -shortest output.mkv
Altere medium
para veryslow
se você for paciente e veja FFmpeg: A melhor ferramenta de manipulação de vídeo e áudio para mais informações e exemplos sobre o uso da libx264.