Um SD é mais lento que uma unidade flash USB normal. Depois de pressionar "Ejetar" ou "Desmontar", certifique-se de que os buffers sejam gravados antes que a unidade seja removida.
Para garantir que os buffers sejam liberados antes de remover a unidade, abra um terminal e execute:
sudo umount /media/YourSdCard
Depois que o programa estiver pronto e retornado ao prompt, você poderá removê-lo com segurança. Como alternativa, execute sync
e aguarde a conclusão. Depois disso, use "Ejetar" ou "Desmontar" e remova o cartão SD.