Se você editar o PATH para que um aplicativo não carregue um pré-requisito necessário, ele poderá falhar. Por exemplo, remover /usr/bin
do PATH seria uma péssima ideia.
Eu não entendo o que você quer dizer com a segunda pergunta, mas a maneira mais unixy de configurar variáveis de ambiente como o PATH é usar o /etc/profile
global ou o seu próprio ~/.profile
para faça isso.
De qualquer forma, se você não sabe o que está fazendo, não mexa com isso.