O GraphViz (Graph Visualization Software é capaz de fazer isso. Dê uma olhada na galeria de exemplos e experimente. Fluxograma não é definido por uma GUI, mas na linguagem DOT, por exemplo:
graph G {
run -- intr;
intr -- runbl;
runbl -- run;
run -- kernel;
kernel -- zombie;
kernel -- sleep;
kernel -- runmem;
sleep -- swap;
swap -- runswap;
runswap -- new;
runswap -- runmem;
new -- runmem;
sleep -- runmem;
}
Isso não é confortável para alguns usuários, mas a principal vantagem é que você é independente do layout!