Acho que essa é uma daquelas perguntas em que a resposta é depende .
Se você acha que o gerenciamento de recursos do seu sistema precisa de intervenção manual e tem certeza de que pode fazer um trabalho melhor do que os planejadores padrão e mediu as necessidades e o desempenho de processos e subsistemas em questão e seu tempo gasto estes valem menos do que o custo de atualização de hardware para aliviar a fome de recursos, do que, claro, vá em frente, use cgroups. É uma ferramenta maravilhosa e, se você for o Google, cada pequena melhoria será dimensionada para 100.000 servidores, por isso vale a pena gastar tempo aprimorando as coisas.
Por outro lado, na minha própria experiência, toda vez que eu pensei: ok, esta é a hora de usar cgroups, acabei fazendo outra coisa: apenas usando nice / ionice, atualizando o hardware, separando os serviços em máquinas virtuais ou físicas separadas, etc. cgoups é uma dessas tecnologias que parecem simples, mas são muito difíceis de configurar corretamente.
Para resumir, a menos que você tenha uma ideia muito clara do motivo pelo qual você precisa, não use, você vai acabar com um sistema mais lento, não mais rápido.