Vá para Configurações do sistema e clique no seguinte:
System Settings
\
(section Workspace Appearance and Behavior)
Window Behavior
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(on left) Window Behavior (again)
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(on top: Tab) Focus
Defina "Nível de Prevenção contra Roubo de Foco" para "Nenhum".
Para mim, isso foi definido como "Baixo", e todas as novas janelas que já haviam iniciado uma janela do mesmo tipo (por exemplo, Konsole, Firefox, gVim) apareceriam atrás da janela ativa. A configuração para "Nenhum" resolveu isso.
Isso costumava funcionar, por meses até, mas de repente mudou o comportamento alguns dias atrás. Eu estou em uma estação de trabalho Linux corporativa gerenciada, então isso poderia ter sido uma implantação de configurações por I.T., não tem idéia. Depois de alterar essa configuração, novas janelas aparecem na parte superior.