Acabei de encontrar uma solução para quem tem o Flash trabalhando no Firefox, mas não no Chromium. É baseado no fato de que cada navegador tem seu próprio diretório de plugins:
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/usr/lib/firefox-addons/plugins
(para o Firefox)
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/usr/lib/chromium-browser/plugins
(para o Chromium)
Então, a única coisa que você precisa fazer é unificá-los, ou seja, fazer um link para o outro. Provavelmente, todos os plugins estão no diretório de plugins do Firefox, mas não vale a pena garantir que:
ls -l /usr/lib/{mozilla,chromium-browser}/plugins
Se o Firefox é aquele onde todos os plugins são, faça o seguinte. Se não, faça o inverso:
sudo rmdir /usr/lib/chromium-browser/plugins
sudo ln -s /usr/lib/mozilla/plugins /usr/lib/chromium-browser/
Por fim, reinicie o Chromium para que as alterações entrem em vigor.
Provavelmente, não seria uma má idéia criar um relatório de bug para os mantenedores do pacote Chromium / Firefox para informá-los sobre o bug e a solução simples.