A configuração apenas removerá / atualizará o VMWare Player, não as máquinas virtuais reais.
Se estiver preocupado, você pode fazer um backup da pasta da sua máquina virtual antes de iniciar a instalação.
Quando a nova versão estiver instalada, basta procurar os arquivos .VMX
que estavam na pasta Virtual Machine e suas VMs devem funcionar bem dentro da VMware Workstation.