O "problema" é que o iLife 11 vem com todos os Mac recentes. Ele receberá suas atualizações através do mecanismo OS X Atualização de Software .
A versão iLife 11 do iPhoto que você vê na Mac App Store usa o mecanismo de atualização da própria App Store. É vendido para aqueles que não conseguiram o iLife 11 com o Mac.
Esses dois são essencialmente os mesmos, mas como eles usam mecanismos de atualização diferentes, você não pode instalar a versão da App Store quando já tiver a versão "normal" no seu Mac. Na verdade, a última versão do iPhoto (a partir de hoje) é a 9.2.3 - é a mesma para a versão pré-instalada e da versão da App Store.
Portanto, longa história: você não precisa realmente instalar a versão da App Store.