No arquivo ~/.config/user-dirs.dirs , adicione (ou substitua) as seguintes linhas:
XDG_DOCUMENTS_DIR="$HOME/Documents" XDG_MUSIC_DIR="$HOME/Music" XDG_PICTURES_DIR="$HOME/Pictures" XDG_VIDEOS_DIR="$HOME/Videos"
Coloque o caminho desejado entre aspas. (Os caminhos nesse arquivo devem começar com / ou $HOME/ .)