Se eu estou entendendo sua pergunta corretamente, então sim, você pode fazer isso. Você pode ter vários diretórios de observação que salvam em diretórios diferentes.
nota: sua versão do rtorrent deve ser 0.7.7 +
schedule = tied_directory,10,10,start_tied=
schedule = untied_directory,10,10,close_untied=
schedule = watch_directory_1,10,10,"load_start=~/Download/watch_stuff_1/*.torrent,d.set_directory=~/Download/stuff_1/"
schedule = watch_directory_2,10,10,"load_start=~/Download/watch_stuff_2/*.torrent,d.set_directory=~/Download/stuff_2/"
Isto é tudo da seção de uso comum de lá Wiki . Eu vejo a maioria das pessoas bagunçar isso usando 'watch_directory' várias vezes, o que é apenas escrever sobre a instrução de diretório de gravação anterior. Certifique-se de que cada um deles tenha um nome diferente.