É provável que seja por design. Não encontrei nenhuma documentação detalhada no formato 7z, mas alguns formatos de arquivo contêm informações como "data de adição", indicando quando o arquivo foi adicionado ao arquivo, e assim por diante.
Minhas sugestões são: 1) não se incomode em comparar, apenas substitua o arquivo antigo; 2) use a função update em 7z u
para atualizar o arquivo antigo in-loco.