Os arquivos .eml são apenas arquivos de texto, então você pode imprimi-los usando métodos padrão.
O utilitário mais fácil para conversão de texto é sem dúvida Pandoc . Este utilitário também deve cobrir qualquer email html, embora você queira especificar o formato manualmente, pois o .eml não é muito padrão quando se trata de dados de texto.
pandoc -f html -o outputfile.pdf inputfile.eml