Realmente não existe uma "partição Linux NTFS"; O Linux tem algum suporte para leitura e gravação de sistemas de arquivos NTFS, mas no final as ferramentas do Windows são consideradas definitivas mesmo para partições NTFS sendo acessadas no Linux.
Esta questão me fez pensar: "Você pode executar o chkdsk usando um CD de inicialização do Windows em um Linux Partição NTFS? " Isso causaria mais problemas ou os corrigirá como no Windows?
Não consigo entender por que não, mas não consegui encontrar uma resposta definitiva.