Eu tenho enfrentado essa situação estranha no Ubuntu 14.04 (64 bits) enquanto uso o emulador Genymotion. Eu sempre usei X.Org X servidor opensource driver para uso diário. O driver está funcionando bem, exceto que a tela do emulador de genymotion pisca (ao tentar acessar o painel de notificação do Android).
Entrei em contato com o suporte de genymotion. Eles mencionaram que esta situação pode ser devido à placa gráfica (O meu é ATI Radeon HD 54xx). Eu mudei para drivers proprietários da AMD, o problema com o painel de notificação do Android parece ter ido embora. O problema com isso são as botas para laptop com inicialização de baixa resolução (até o login aparecer).
No momento, mudei de volta para o driver X.Org, pois esse problema não é tão grande. Mas eu adoraria resolvê-lo.