Ele é totalmente compatível, conforme declarado aqui :
Microsoft SQL Server 2005 Service Pack 3 and SQL Server 2008 Service Pack 1 and later versions are supported. SQL Server 2005 Express Edition Service Pack 2 and SQL Server 2008 Express Runtime RTM are also supported.
Só não se esqueça de instalar a versão x64, pois o Windows Server 2008 R2 existe apenas como um sistema x64.