Eu usaria um terceiro diretório para colocar todo o conteúdo lá (e você não excluiria / poria algo acidentalmente)
xcopy /D C: C:
xcopy /D C: C:
Você terminará com um diretório (3) contendo todos os arquivos / pasta do diretório 1 e 2 (que é a parte de mesclagem) e todos os arquivos são os mais recentes.