A criptografia é sua única opção real.
As senhas e permissões só funcionam quando o SO em execução as respeita. Se alguém inicializar a partir de uma unidade flash ou Live CD / DVD, eles podem montar e ignorar as permissões. Ou, se alguém criar o seu sistema, não há nada que os impeça de ler ou destruir os dados da sua partição local.
TrueCrypt é certamente uma opção popular, mas certamente não é a única disponível no Linux.
Outras palavras-chave para pesquisar são montagens de loop e criptografia total de disco.
Mas você precisa de criptografia.
Agora observe que a criptografia impede que outra pessoa consiga entender seus dados. Isso não impede que eles limpem a partição e destruam todos os seus dados. É para isso que servem os backups offline.