Ocasionalmente tive o mesmo problema em minha caixa Linux (usando o Gnome) e não rastreei a causa final. No entanto, alternar o comportamento de corte / colagem geralmente o esclarece. Eu escrevi esses dois utilitários que eu corro quando o problema aparece. Você pode achá-los úteis:
(defun xor (a b)
(or (and a (not b)) (and (not a) b)))
(defun reset-cut ()
"toggle the intprogram cut function to avoid odd x hangup"
(interactive)
(message "Cut is %s" (setq interprogram-cut-function (xor interprogram-cut-function 'x-select-text))))
(defun reset-paste ()
"toggle the intprogram paste function to avoid odd x hangup"
(interactive)
(message "Paste is %s" (setq interprogram-paste-function (xor interprogram-paste-function 'x-cut-buffer-or-selection-value))))