apt-mirror faz isso ... é o único objetivo
No Ubuntu / Debian são apt-get install / upgrade chamadas em cache em um proxy transparente (que é configurado com o squid).
Enquanto eu gostaria de pensar que eles são (para economizar largura de banda em uma rede grande) eu não encontrei nada que verifique ou negue isso. Também tenha em mente que a maioria dos meus repositórios são configurados para usar HTTP (que deve ser capaz de cache).
apt usa solicitações HTTP GET padrão, que devem ser armazenadas em cache pelo Squid da mesma forma que a navegação normal.