Sempre que você fizer qualquer forma de conversão de formato, provavelmente terá alguma perda real de qualidade, embora, se for feito de maneira sensata, não seja possível detectar a perda de qualidade. Eu faço isso o tempo todo com ferramentas como o Handbrake .
Para facilitar a vida, o ffmpeg vem com predefinições para permitir que você defina facilmente as opções para minimizar a perda detectável de qualidade. Se você estivesse codificando para x264, então você poderia usar -vcodec libx264 -vpre lossless_medium
, por exemplo.
Suas escolhas dependerão do formato de destino desejado e das ferramentas que você deseja usar.