A questão é muito aberta para ser respondida como está, mas aqui estão várias coisas que eu vi que fizeram com que os PDFs fossem diferentes em diferentes softwares ou máquinas diferentes.
- As fontes nem sempre são incorporadas nos PDFs (geralmente são, mas nem sempre) e dois computadores têm fontes diferentes ou versões diferentes das fontes instaladas.
- Diferentes mecanismos de renderização de PDF são usados, que suportam recursos diferentes. Poucos leitores de PDF além do Adobe suportam JavaScript, por exemplo, e alguns outros recursos.
- Diferentes visualizadores ou versões diferentes suportam diferentes versões de PDF em diferentes níveis. Por exemplo, há recursos do PDF 1.6 não suportados por visualizadores baseados no Ghostscript, como o MuPDF.
- Mesmo para um determinado mecanismo, às vezes nem todos os componentes estão sempre instalados. Determinados elementos PDF não aparecem corretamente em visualizadores de PDF baseados em poppler, a menos que o pacote poppler-data esteja instalado, por exemplo, e pelo menos recentemente, esse pacote não esteja instalado no Ubuntu e em outras distros.
- Diferentes softwares de PDF reagem de maneira diferente a diferentes métodos de uso de unidades básicas de medição quando se trata de problemas que não são claros na especificação do PDF; Para um exemplo, consulte aqui .
- Bugs, bugs, bugs!
Tenho certeza de que há mais!