Basta criar uma pasta Applications
no seu diretório pessoal. Você pode mover com segurança praticamente tudo o que não vem com um instalador, e até mesmo alguns que o fazem.
Em relação aos aplicativos iniciados automaticamente, eles geralmente são configurados em Preferências do Sistema »Contas» Itens de Login . Certifique-se de que ela não tenha entradas de seus aplicativos.
Usando Controles dos Pais no mesmo painel de preferências, você pode restringir quais aplicativos ela pode usar.