Na verdade, balões não estão tirando você do modo de tela cheia , parece que maneira.
Notificações de balão são projetadas especificamente para não rasgá-lo de uma sessão de tela cheia e deixá-lo na área de trabalho apenas para abrir um balão. Em vez disso, se um aplicativo (como o Windows Update, neste caso) solicitar o Explorer para mostrar um balão enquanto você está em tela cheia modo, aguarda pacientemente que você tenha saído do modo de tela cheia antes de mostrar o balão.
Então, o que está acontecendo aqui - assim como estava acontecendo no artigo de Raymond - é que outra coisa está roubando o foco e deixando você na área de trabalho. O Explorer detecta que você está de volta à área de trabalho e, após alguns segundos, exibe o balão enfileirado.
Apesar de sua aparência após sair do modo de tela cheia, o balão (e o aplicativo de onde veio) provavelmente não tem nada a ver com o desaparecimento do XBMC. Alívio por desativar balões era provavelmente uma coincidência.
Você precisará fazer mais algumas investigações para descobrir o que está roubando o foco do XBMC.