Eu já tive esse problema antes. O que acontece é que o disco tem uma Tabela de Partição GUID em vez de ser configurada como um Registro Mestre de Inicialização. O Windows parece ter sérios problemas para fazer com que as coisas voltem a ser como deveriam. A solução mais fácil seria conectá-lo a um Mac e usar o Utilitário de Disco para reparticioná-lo, configurá-lo como um Master Boot Record e formatá-lo como FAT. Depois disso, você pode fazer o que quiser no Windows.
Se você não tem acesso a um Mac para fazer isso, há outra solução que eu sei que funciona com certeza. Se você tiver um Live CD do Linux com o GParted, reinicie o computador e inicialize-o. Se você não tiver um Live CD, poderá fazer o download e gravar o Live CD do GParted . Depois de inicializar no ambiente Linux, você poderá converter a unidade em qualquer sistema de arquivos e tabela de partição desejada.