É difícil diagnosticá-lo sem ouvi-lo, mas você pode dividi-lo e tentar eliminar as diferentes possibilidades.
Primeiro, pode ser um software (drivers, etc) ou hardware. Tente inicializar com um live CD do linux e veja se você ainda tem o problema. Se você fizer isso, provavelmente é hardware - se não, é software.
Supondo que seja relacionado ao hardware, existem duas possibilidades básicas: uma conexão ruim ou distorção.
Eu não estou familiarizado com um "Genius 5.1" - vou assumir que eles são falantes amplificados. Você verificou que a entrada para os alto-falantes está funcionando - novamente, certifique-se de testar conectando-se à mesma entrada que está usando para o computador. Se possível, use o mesmo cabo para eliminar isso.
Agora você está no conector ou algo interno. As extremidades do seu conector estão limpas? Tente limpá-los um pouco - esfregar álcool é bom. Agora, com algo tocando, tente mexer levemente o conector - isso faz alguma diferença? Se assim for, pode ser que haja um problema com o próprio conector ou com a montagem.
As próximas coisas a tentar são um pouco mais perigosas, e não devem ser tentadas se você estiver desconfortável com a eletricidade. Com o case aberto e a reprodução de som, pegue um lápis de madeira (com uma borracha) e bata levemente os vários chips de som & conectores no MB - isso ajudará a determinar se há uma conexão ruim. Isso é improvável, mas é possível.
Se nada disso ajudar, talvez seja necessário obter uma placa de som ou substituir o MB.