Em vez do VNC, recomendo usar o sistema gratuito de desktop remoto NoMachine. É mais seguro - a conexão é estabelecida via autenticação SSH, com seu nome de usuário & senha na máquina linux. Também remove a necessidade de o login automático do servidor - ele pode ser inicializado apenas na tela de login e sua sessão NoMachine acontece em segundo plano.
A página de download está aqui - você precisa instalar o debs para "NX Free Edition para Linux" no servidor (todos os três pacotes que ele fornece, em ordem alfabética - cliente, nó e, em seguida, pacote do servidor). E então você precisa instalar o "NX Client for Windows" na sua máquina Windows.