Você precisa fazer o seguinte:
Adicione estas linhas a /etc/my.cnf
(dependendo da sua instalação /etc/mysql/my.cnf
)
[mysqld]
innodb_log_file_size = 256M
innodb_log_files_in_group = 2
innodb_buffer_pool_size=1G
então, faça isso:
service mysql stop
service mysql start --innodb-fast-shutdown=0
service mysql stop
rm -f /var/log/mysql/ib_logfile
service mysql start