Você precisa começar a usar o controle de versão, como o Subversion / Git (ou seja, o cliente TortoiseSVN) para windows.
Você pode então manter seu código como uma "ramificação" e manter as atualizações do wordpress no tronco, quando quiser liberá-lo "mesclar" o ramo no tronco e depois "marcar" o lançamento.
Haverá uma curva de aprendizado envolvida nisso, mas eu recomendo o controle de versão daqui para frente, já que é fácil esquecer as mudanças feitas xMonths atrás, mas não com o controle de versão quando você pode voltar historicamente para essa revisão você fez e viu exatamente o que fez.