AutoIT pode realizar este tipo de operação e criar um pequeno executável que não requer .NET ou qualquer outro tempo de execução pré-instalado.
Switch @OSVersion
Case "WIN_7"
Run( "versionA.exe" )
Case "WIN_VISTA", "WIN_XP"
Run( "versionB.exe" )
Case Else
Run( "versionC.exe" )
EndSwitch