Note que quando você olha para o seu PATH no Terminal, esse PATH é criado pelas ações combinadas de quaisquer arquivos de inicialização para o seu shell. Se você estiver usando o bash, isso pode incluir /etc/profile, /etc/bashrc, ~/.bash_profile, ~/.bashrc, ~/.profile
. As aplicações lançadas usando "open" são executadas como subprocessos a partir do shell do Terminal, portanto, esses aplicativos terão o mesmo PATH.
Os aplicativos iniciados no Finder ou no Dock não seguem necessariamente as mesmas regras.
Esta pergunta no Stack Overflow aponta para a documentação para alterar o caminho dos aplicativos editando ~/.MacOSX/environment.plist
.
Quanto ao modo como o seu PATH ficou bagunçado, minha primeira parada seria ver esse arquivo. Talvez um dos seus apps tenha ajudado em editar isso para você.