FAT / FAT32 geralmente é usado apenas para dispositivos flash. Nos dias de hoje FAT / FAT32 é uma má escolha para qualquer dispositivo em comparação com outras opções disponíveis, e muitas vezes eu acho o limite de tamanho de arquivo de 4GB de FAT32 (menos para FAT) muito constrangedor. Não use FAT / FAT32, a menos que você precise (ou seja, em uma unidade de salto).
O Linux funciona muito bem com os sistemas de arquivos NTFS e EXT, mas o Windows não funciona tão bem com o EXT. Se você tem 100% de certeza de que não precisará da interoperabilidade do Windows, então eu diria que vá com EXT4 , mas se você acha que pode algum dia precisa ler o conteúdo do seu disco rígido externo a partir de uma máquina Windows eu iria com o NTFS, caso contrário, você precisará de um visualizador EXT como EXT2READ .