A falta de espaço no disco rígido é provavelmente uma preocupação. Em relação às suas opções listadas:
1) provavelmente não fará muita diferença, a menos que seu disco rígido esteja falhando ou haja corrupção de software. Se você está recebendo erros SMART, seu deve ser alertado para esse fato e ele apareceria como vermelho no Utilitário de Disco.
2) se o espaço livre é o problema, o que parece mais provável, isso iria resolvê-lo. Mas certifique-se de que a unidade maior seja mais rápida ou mais rápida que a atualmente instalada.
3) isso traria o maior benefício em termos de velocidade, mas com a complexidade adicional de ter a maioria de seus arquivos no disco rígido externo. Você parece saber o que está fazendo, então isso provavelmente não é um problema. Eu não recomendaria isso para minha mãe, mas você estaria bem fazendo isso.
Algumas outras coisas que você pode tentar é mover cerca de 10 GB para uma unidade flash ou apenas excluí-las e restaurar a partir do Backblaze. Então, se ainda não for mais rápido, tente criar um novo usuário, faça login como o novo usuário e veja se ele ainda está lento.