Não há maneira compatível de sincronizar apenas blocos de anotações específicos. É um recurso que esperamos adicionar em futuras versões do Tomboy.
Por enquanto, você teria que escrever sua própria solução. Escrever um add-in do Tomboy provavelmente faria mais sentido, ou se você estivesse apenas no Linux, você poderia escrever um script Python que acessasse o Tomboy através de sua interface dbus.
O uso do Unison ou de outra ferramenta de sincronização de arquivos diretos não funcionaria, porque o Tomboy mantém todos os arquivos de anotações no mesmo diretório, independentemente do bloco de anotações a que pertencem.