Ouch! Eu tive o mesmo problema com meu computador filhas quando mudei o Itunes do Vista para o Windows 7. Ela tinha músicas localizadas em todo o disco rígido e não me contou.
A primeira pergunta é que você moveu alguns arquivos? Os links geralmente são perdidos quando um arquivo é movido.
A melhor coisa a fazer é mover todas as suas músicas para um diretório Itunes e recarregar os links novamente no Itunes. Isso remove a tediosa tarefa de percorrer a biblioteca e remover duplicatas a menos que você tenha a mesma música duas vezes na mesma pasta.
Você perderá a contagem de jogos que minha filha maravilhosa apontou e quase me matou.
Existem alguns software gratuito para remover duplicados e alguns itens interessantes pagar software para realmente tornar sua coleção de músicas correta e precisa.
Cool Pay Apps:
Boa sorte ..