Você pode fazer isso através do Windows Explorer, mas isso depende de onde estão os atalhos e quem pode acessar o programa. Para editar o Menu Iniciar para atalhos visíveis apenas para o seu perfil, vá para C:\Documents and Settings\yourusername\Start Menu\Programs
. Para todos os usuários (incluindo seu perfil), acesse C:\Documents and Settings\All Users\Start Menu\Programs
.
Você pode criar pastas e mover atalhos de acordo com o seu gosto. Esta é a maior personalização que faço em uma nova máquina depois que eu instalei tudo porque eu odeio o tamanho do Menu Iniciar.