O AHK está enviando a chave correta, mas quando a chave é enviada, Ctrl já está pressionado. E o editor o vê como Ctrl + Home ou Ctrl + End . Qual é o atalho para mover o cursor para o início ou fim do arquivo.
Consegui fazer isso funcionar usando SetKeyDelay junto com Send . Você pode tentar seguir o script.
SetKeyDelay, 500, 10
^Right::Send {End}
^Left::Send {Home}